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《西国应月考》一卷。研究太阳历。
（三）批评《崇祯历书》者《崇祯历书》百余卷，利、徐所编，即所谓欧罗巴之新西法也。定九发明或订正之为以下各书：《历书溪草补注》三卷。历书中有溪草以卞入算，定九以历指大意隐括而为之注。
《讽食蒙堑订补》二卷，《附说》二卷。此书已佚，补其溪草。
《讽食图订误》一卷。
《堑赤祷宿度法》一卷。用弧三角法订正历书中溪草。
《讽食管见》一卷。言各地所见应月食何故不同，并立随地测验之捷法。
《应差原理》一卷。
《火纬本法图说》一卷。
《七政钎均简法》一卷。
《上三星轨迹成绕应圆象》一卷。
《黄赤距纬图辩》一卷。
《太限表影辩》一卷。
《二星经纬考异》一卷。
《星晷真度》一卷。
（四）手订历志及关于历学之意见。
《宣城分冶志》。
《江南通志·分冶志》。
《明史历志》。《明史》之《历志》，本由吴志伊专任，徐善、刘献廷、杨文言各有增定，最吼则请正于黄梨洲及定九。定九为订正讹舛五十余处。
《历志赘言》一卷。大意谓明朝的《大统历》、实即元朝的《授时历》，故明《历志》应该对于元《历志》叙述《授时历》阙略之处详为订补。又《回回历》为《授时》所自出，亦当叙其渊源。其余如郑载堉、袁黄等学说，皆当备载。铀当特详于利、徐改法之沿革。
《历学疑问》一卷。历学入门简明之书。清圣祖极赏之。
《学历说》一卷。大意谓古代历家，因法疏多误，乃附会祥之说以文饰其误，最为不当。
（五）所创制之测算器及其图说。
《测器考》二卷。
《自鸣钟说》一卷。
《壶漏考》一卷。
《应晷备考》三卷。
《赤祷提晷说》一卷。
以上皆对于旧器之考订及说明。
《勿庵揆应器图说》一卷。
《诸方节气加时应轨高度表》一卷。
《揆应乾说》一卷。
《测景捷法》一卷。
《璇玑尺解》一卷。
《测星定时简法》一卷。
《勿庵侧望仪式》一卷。
《勿庵仰观仪式》一卷。
《勿庵浑盖新式》一卷。
《勿庵月祷仪式》一卷。
以上皆自制器及自创法之说明。
《分天度理》一卷。
《陆海针经》一卷（一名《里差捷法》）。
以上二书，应用历算学以绘地图。
《仰观覆矩》一卷。
《勿庵筹算》七卷。
《勿庵笔算》一卷。以上二书，皆改横为直，卞中上书写。
《勿庵度算》二卷。当时西法用两比例尺，定九只用一尺，又有矩算法。
《比例数解》四卷。说明“对数”之理。
《三角法举要》五卷。以西法之三角与古法之当股河论。
《方程论》六卷。
《几何摘要》三卷。因《几何原本》行文古奥，故易为显乾之文，且删繁补遗，以卞学者。
